第二季的故事围绕“灵体”与“人类”世界的冲突展开。科拉的叔叔，北气和国酋长乌纳拉克，利用南方部落对重建的不满，悍然发动内战。同时，一个古老的、名为“瓦图”的黑暗神灵被释放，它代表着混乱与黑暗，是神通光之灵“拉瓦”的永恒宿敌。乌纳拉克妄图与瓦图合体，成为新的黑暗神通，将世界拖入万年的黑暗时代。为了阻止他，科拉必须割断与过去所有神通的联系，独自进入灵界。在这里，她通过一棵神秘的魔法树，窥见了第一任神通“万”的起源故事——人类是如何从灵界获得元素之力，而神通又是如何诞生的。科拉最终理解了“平衡”的真正含义，并做出了一个影响整个神通世界走向的惊人决定。
本季极大地拓展了《降世神通》的世界观，灵界的设定瑰丽而诡异。第一任神通“万”的两集起源故事堪称动画史上的神来之笔。尽管主线剧情节奏有些问题，但对“光暗不是绝对对立”这一主题的探讨极具深度，结局更是留下了巨大的悬念和情感冲击。
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